Der Stiftungsrat besteht aus elf vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) für eine Amtszeit von vier Jahren berufenen Mitgliedern. Nach dem DGIA-Gesetz liegt das Benennungsrecht für vier Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler bei der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) und für jeweils einen Wissenschaftler/eine Wissenschaftlerin bei der Alexander von Humboldt-Stiftung, der Max-Planck-Gesellschaft und der Leibniz-Gemeinschaft. Der Stifterverband für die Deutsche Wissenschaft benennt eine den Geisteswissenschaften nahe stehende Person. An den Sitzungen des Stiftungsrats nehmen jeweils zwei Mitglieder der Direktionsversammlung und der Versammlung der Beiratsvorsitzenden, der Geschäftsführer/die Geschäftsführerin und die jeweiligen Vertreterinnen und Vertreter des Personals sowie der Wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter als ständige Gäste mit Antrags- und Rederecht teil. Die Mitglieder sind zur Zeit: